Il Programma CONECOFOR ha una struttura organizzativa per le attività di ricerca che discende direttamente dalla Convenzione di Ginevra (1979) sull'inquinamento atmosferico trans-frontaliero a lungo raggio (LRTAP). Infatti detta Convenzione ha avviato una serie di attività di ricerca, coordinate dal proprio Executive Body, nell'ambito del gruppo di lavoro sugli effetti (WG Effects). Quest'ultimo controlla, tra l'altro, i programmi sviluppati dall'ICP forests (International Cooperative Programme-Forests) e dall'ICP IM (International Cooperative Programme-Integrated Monitoring of Ecosystrem) che hanno attivato due reti di monitoraggio sull'inquinamento atmosferico delle quali fanno parte le aree permanenti del Programma CONECOFOR (26 aree per la rete dell'ICP forests e 10 aree per la rete dell'ICP IM).
Tutta l'attività di monitoraggio dello stato di salute delle foreste europee è coordinata e guidata dalla Commissione Europea, DG VI, di Bruxelles, che agisce in collaborazione con il Centro di Coordinamento dell'ICP-Forests, tramite l'impostazione del Programma dell'Unione Europea, l'approvazione ed il cofinanziamento dei programmi annuali dei singoli paesi membri ed il loro continuo controllo.
I dati ed i risultati ottenuti dalle ricerche realizzate da ogni paese membro vengono conservati e gestiti dal FIMCI (Forest Intensive Monitoring Coordinating Institute), che è l'organo consultivo della Commissione Europea per la gestione dei dati del programma pan-europeo per il monitoraggio degli ecosistemi forestali.
La Commissione Europea si avvale di un comitato scientifico denominato Scientific Advisory Group (SAG), composto da esperti nei settori di ricerca nel campo del monitoraggio degli ecosistemi forestali rispetto all'inquinamento atmosferico, che ha il compito di indicare le linee guida del programma europeo di monitoraggio e di valutare le decisioni provenienti dai singoli Comitati di Esperti. I componenti del SAG vengono nominati su indicazione dei paesi membri. Attualmente per l'Italia è presente il Dr. Roberto Canullo del Dipartimento di Botanica ed Ecologia dell'Università di Camerino, ed il Dr. Paolo Lorenzoni dell'Istituto Sperimentale per la Difesa del Suolo di Rieti (membro supplente).
La Commissione Europea ha inoltre istituito dei Comitati di Esperti (Expert Panel) per ogni settore specifico di ricerca nell'ambito del monitoraggio dello stato di salute delle foreste, costituiti da rappresentanti di ogni paese dell'Unione Europea. All'attualità sono attivati i Comitati di Esperti sulle analisi delle deposizioni atmosferiche (con una particolare sezione dedicata agli inquinanti atmosferici tra cui l'ozono), sulla valutazione dello stato delle chiome degli alberi, sulle indagini meteorologiche, sullo studio della vegetazione, della fenologia, degli accrescimenti degli alberi, sul telerilevamento, sulla chimica del suolo e sulla chimica delle foglie.
Ogni paese dell'Unione Europea partecipante al programma di monitoraggio sullo stato di salute delle foreste è coordinato al proprio interno dal Centro Focale Nazionale (NFC - National Focal Centre) che ha il compito di presentare i progetti di ricerca alla Commissione Europea, di garantirne e di certificarne sia tecnicamente che finanziariamente la realizzazione. Per l'Italia il NFC è rappresentato dal Ministero delle Politiche Agricole e Forestali - Direzione Generale delle Risorse Forestali, Montane ed Idriche, Divisione VI, che si avvale di personale laureato in scienze forestali, scienze naturali e scienze biologiche.
Per lo sviluppo e la realizzazione delle ricerche previste dai Regolamenti della Unione Europea il Centro Focale Nazionale ha incaricato alcuni Enti di ricerca fortemente qualificati in specifici settori. Il criterio di scelta utilizzato per la loro individuazione ha preso in considerazione dapprima gli Istituti di ricerca della Commissione Europea presenti in Italia (Istituto Ambiente del Centro Comune di Ricerca della Commissione delle Comunità Europee di Ispra -VA a cui è stato affidato l'incarico di analizzare le deposizioni atmosferiche), poi gli Istituti vigilati dal Ministero delle Politiche Agricole e Forestali operanti nei settori di ricerca previsti dal Programma (Istituto Sperimentale per la Selvicoltura di Arezzo per lo studio degli accrescimenti degli alberi e Istituto Sperimentale per la Nutrizione delle Piante di Roma per le indagini meteorologiche e per l'analisi della chimica delle foglie e dei suoli, quest'ultima fino al 1998), infine Istituti Universitari ed Enti di ricerca che intraprendono da tempo studi relativi al controllo degli ecosistemi forestali. A tale riguardo sono stati affidati incarichi al Dipartimento di Biologia Vegetale dell'Università degli Studi di Firenze per la valutazione dello stato delle chiome degli alberi, al Dipartimento di Botanica ed Ecologia dell'Università di Camerino per lo studio della vegetazione, al Dipartimento di Scienze dell'Ambiente Forestale e delle sue Risorse dell'Università della Tuscia-Viterbo per lo studio della soluzione del suolo e per l'analisi della chimica delle foglie e dei suoli (a partire dal 1999), al CNR-Istituto di Idrobiologia di Pallanza (VB) per lo studio delle deposizioni atmosferiche. Inoltre sono state inserite nel Programma nazionale di ricerca le indagini scientifiche promosse dall'Istituto Ambiente Italia di Milano riguardanti lo studio degli inquinanti atmosferici (l'ozono in particolare) e la realizzazione di chiavi di interpretazione per specie di interesse forestale dell'area mediterranea e indagini fotogrammetriche sulle aree permanenti.
La gestione delle aree permanenti per lo svolgimento delle ricerche necessita di un impegno costante che viene svolto dalle strutture periferiche del Corpo forestale dello Stato (Coordinamenti Regionali, Coordinamenti Provinciali e Comandi Stazione) e dell'ex Azienda di Stato per le Foreste Demaniali. Ogni area permanente ha un Ufficiale Forestale responsabile, laureato in discipline scientifiche (prevalentemente in scienze forestali o in scienze agrarie) che si occupa della gestione ordinaria, del rilievo in campagna dello stato di salute delle chiome, delle operazioni di raccordo tra il personale operante quotidianamente nell'area ed il Centro Focale Nazionale. Inoltre si occupa del coordinamento del personale del Comando Stazione Forestale responsabile dell'area permanente incaricato dell'attività di supporto ed assistenza ai ricercatori impegnati nelle indagini sopra citate per tutto ciò che riguarda l'ordinaria amministrazione dell'area.
Non tutte le aree permanenti vengono però gestite direttamente dal personale del Corpo forestale dello Stato. Per alcune aree infatti sono state stipulate apposite convenzioni tra l'Ispettorato Generale delle Risorse Forestali, Montane ed Idriche - Divisione VI e vari enti proprietari dei terreni su cui sono state insediate le suddette aree. È il caso della Regione Autonoma Valle d'Aosta che è l'Ente gestore dell'area VAL1, della Azienda Regionale delle Foreste della Regione Lombardia che gestisce le aree LOM1, LOM2 e LOM3 (curando anche parte della ricerca sulle deposizioni atmosferiche), della Regione Piemonte (area PIE1), della Regione Umbria (area UMB1), della Regione Toscana (area TOS1, TOS2 e TOS3, (curando anche parte della ricerca sulle deposizioni atmosferiche), della Provincia Autonoma di Trento (area TRE1), del Consorzio del Parco Regionale dei Boschi di Carrega - PR (area EMI1), dell'ENEA (area EMI2, curando anche parte della ricerca sulle deposizioni atmosferiche) del Dipartimento di Scienze dell'Ambiente Forestale e delle sue Risorse dell'Università della Tuscia - Viterbo (gestione della centralina meteorologica all'interno dell'area ABR1).