Il sistema dei controlli si fonda sull'accertamento della situazione biologica delle specie animali e vegetali, che può risultare di tre diverse categorie:
a) specie gravemente minacciate di estinzione, iscritte all'Appendice I della Convenzione, per le quali è rigorosamente vietato il commercio;
b) specie iscritte all'Appendice II, il cui commercio è regolamentato per evitare eccessivi sfruttamenti incompatibili con la loro sopravvivenza;
c) specie protette da singoli Stati, iscritte all'Appendice III, per regolamentare le esportazioni dai loro territori.
Ogni Stato è tenuto ad autorizzare, rilasciando appositi permessi o certificati, l'esportazione e la riesportazione degli esemplari, o dei loro prodotti derivati, delle specie iscritte alle tre Appendici della Convenzione.
Gli Stati di importazione sono, a loro volta, tenuti ad autorizzare l'ingresso nei loro territori di questi esemplari per i quali è stato presentato un permesso o un certificato di riesportazione, attraverso l'emissione di documenti di importazione.